En août 2026, l’Assurance maladie a officiellement reconnu le syndrome de fatigue chronique (SFC), aussi appelé encéphalomyélite myalgique (EM), comme une maladie à part entière. La fiche publiée sur ameli.fr le 6 août, puis relayée par la presse le 23 août, précise désormais que cette pathologie « n’est pas un trouble psychologique » et identifie le malaise post-effort comme symptôme central.
Pour les DRH, les dirigeants et les élus CSE, cette reconnaissance n’est pas un sujet médical lointain. Elle produit des effets juridiques concrets sur la gestion des arrêts maladie, l’aménagement de poste et la prévention des risques psychosociaux. Avant la pandémie, environ 200 000 adultes étaient touchés en France selon l’Assurance maladie. Depuis le Covid-19, l’association Millions Missing France estime ce chiffre entre 700 000 et plus d’un million de personnes, dont une majorité non diagnostiquée. Dans une entreprise de 100 salariés, cela représente statistiquement au moins deux collaborateurs concernés.
Le SFC en quelques mots : comprendre la maladie pour mieux gérer ses conséquences
L’encéphalomyélite myalgique est reconnue par l’Organisation mondiale de la santé depuis 1969. Le terme « syndrome de fatigue chronique », apparu dans les années 1980, est aujourd’hui considéré comme réducteur car il réduit une maladie complexe à un seul symptôme. La terminologie « EM/SFC » est désormais privilégiée dans la recherche. La maladie provoque un épuisement chronique que le repos ne soulage pas, accompagné de troubles cognitifs (brouillard mental, difficultés de concentration) et d’un sommeil non réparateur. Le symptôme le plus handicapant en milieu professionnel est le malaise post-effort : une réunion de deux heures, un trajet domicile-bureau, une journée de formation peuvent déclencher une aggravation brutale des symptômes pendant plusieurs jours, parfois plusieurs semaines.
La maladie se développe dans la majorité des cas après une infection virale ou bactérienne, et touche principalement les personnes entre 20 et 50 ans, avec un pic entre 29 et 35 ans selon l’Assurance maladie, bien que des cas soient aussi rapportés chez les adolescents. Un quart des patients conserve une forme légère compatible avec une activité professionnelle réduite, la moitié présente une forme modérée qui limite fortement les déplacements, et un quart souffre d’une forme sévère qui rend tout travail impossible.
Ce qui change avec la reconnaissance de l’Assurance maladie : le SFC sort du registre du « c’est dans votre tête » et entre dans celui des pathologies documentées, avec des recommandations de prise en charge alignées sur les standards internationaux (NICE, INESSS). Pour l’employeur, cela signifie que la maladie ne peut plus être banalisée.
RTL revient sur la reconnaissance de l’EM/SFC par l’Assurance maladie et ses enjeux pour les patients et les professionnels de santé.
Ce que l’employeur doit faire (et ce qu’il risque s’il ne fait rien)
L’obligation de sécurité s’applique, point final
L’article L.4121-1 du Code du travail impose à l’employeur de prendre les mesures nécessaires pour assurer la sécurité et protéger la santé physique et mentale des travailleurs. Cette obligation couvre l’ensemble des risques, y compris ceux liés à une pathologie chronique déclarée par un salarié. La responsabilité de l’employeur est engagée dès lors qu’il a connaissance de la situation et n’adapte pas les conditions de travail.
Concrètement, quand un salarié atteint de SFC transmet un certificat médical ou quand le médecin du travail émet des préconisations, l’employeur doit agir. Ignorer le sujet, c’est s’exposer à un contentieux pour manquement à l’obligation de sécurité.
Aménagement de poste : ce que le médecin du travail peut imposer
Le médecin du travail peut recommander un aménagement de poste adapté. L’employeur est tenu de mettre en oeuvre ces préconisations ou de justifier l’impossibilité de le faire. La prudence commande de formaliser ce refus par écrit, même si la loi n’impose pas explicitement cette forme. Un refus sans motif légitime constitue une faute susceptible d’engager sa responsabilité.
Les aménagements les plus fréquemment préconisés pour un salarié atteint de SFC :
- Télétravail partiel ou total pour limiter les trajets et l’exposition aux stimulations sensorielles
- Temps partiel thérapeutique pour reprendre progressivement après un arrêt
- Suppression ou réduction des déplacements professionnels
- Pauses régulières et adaptation des horaires (éviter les réunions longues, décaler les plages de travail)
- Aménagement ergonomique du poste (possibilité de travailler en position semi-allongée dans les formes modérées)
Un point de vigilance : l’Assurance maladie recommande désormais le « pacing » (gestion de l’énergie disponible) et déconseille les programmes d’exercices gradués, qui peuvent aggraver les symptômes. Imposer un tel programme à un salarié atteint d’EM/SFC pourrait engager la responsabilité de l’employeur. L’environnement de travail compte aussi : les open-spaces et le bruit ambiant sont particulièrement difficiles à supporter. Un bureau isolé, lorsque les locaux le permettent, fait partie des aménagements les plus efficaces.
| Situation | Obligation de l’employeur | Risque en cas de non-respect |
| Préconisation du médecin du travail | Mettre en oeuvre ou justifier l’impossibilité | Manquement à l’obligation de sécurité |
| Demande de RQTH du salarié | Aménagement raisonnable (art. L.5213-6) | Discrimination liée au handicap |
| Arrêts maladie répétés | Maintien de poste, pas de licenciement lié à la maladie | Licenciement nul + dommages-intérêts |
| Déclaration d’inaptitude | Reclassement ou licenciement pour inaptitude (procédure encadrée) | Licenciement irrégulier |
Le temps partiel thérapeutique mérite une attention particulière. Il permet au salarié de reprendre progressivement son activité après un arrêt, avec maintien partiel des indemnités journalières. C’est souvent la solution la mieux adaptée aux formes légères à modérées du SFC.
Licenciement et SFC : les limites à ne pas franchir
Un salarié ne peut jamais être licencié en raison de son état de santé. C’est le principe posé par l’article L.1132-1 du Code du travail. L’employeur qui licencie un salarié atteint de SFC pour absences répétées doit démontrer que ces absences désorganisent l’entreprise et nécessitent un remplacement définitif. La jurisprudence de la Cour de cassation est stricte sur ce point : le lien entre l’absence et la désorganisation doit être réel et documenté, pas simplement allégué.
En cas de déclaration d’inaptitude par le médecin du travail, l’employeur doit d’abord chercher un poste de reclassement compatible avec les capacités du salarié. Ce n’est qu’en cas d’impossibilité avérée de reclassement que le licenciement pour inaptitude peut être prononcé. Si votre entreprise fait face à un conflit lié à la gestion d’un salarié en situation de maladie, mieux vaut sécuriser la procédure en amont.
RQTH et syndrome de fatigue chronique : un levier pour le salarié et une obligation pour l’employeur
La reconnaissance de la qualité de travailleur handicapé (RQTH) est accessible aux personnes atteintes de SFC, dès lors que la maladie entraîne une limitation durable de la capacité de travail. La demande est instruite par la MDPH (Maison départementale des personnes handicapées) sur la base d’un dossier médical et d’un certificat du médecin traitant.
Pour le salarié, la RQTH ouvre des droits concrets : aménagement raisonnable du poste financé par l’AGEFIPH ou le FIPHFP, priorité de reclassement, doublement de la durée du préavis en cas de licenciement. Pour l’employeur, la RQTH fait entrer le salarié dans le décompte de l’obligation d’emploi de 6 % de travailleurs handicapés (art. L.5212-2 du Code du travail). Le refus d’aménagement raisonnable est constitutif d’une discrimination au sens de l’article L.1132-1.
En pratique, les demandes de RQTH se heurtent encore au manque de connaissance de la maladie par les commissions médicales. Le diagnostic repose uniquement sur l’examen clinique, sans examen biologique ou imagerie. Comme le souligne le professeur Jean-Dominique de Korwin, cité par Talenteo : « pour poser le diagnostic, il faut avoir écarté raisonnablement une autre cause de fatigue chronique ». La reconnaissance officielle par l’Assurance maladie devrait progressivement lever ces obstacles en fournissant aux commissions MDPH un référentiel institutionnel.
Le CSE face au SFC : un rôle de vigie et de prévention
Consultation et DUERP
Le CSE est consulté sur les questions relatives à la santé, la sécurité et les conditions de travail (art. L.2312-8 du Code du travail). L’apparition de cas de SFC dans l’entreprise justifie une mise à jour du document unique d’évaluation des risques professionnels (DUERP), notamment si la maladie est survenue dans un contexte de Covid long. Les obligations du CSE en matière de conditions de travail prennent ici tout leur sens.
Un audit de climat social conduit en amont permet de croiser les données d’absentéisme, les signalements et les situations individuelles pour identifier les services où l’accompagnement est prioritaire.
La QVCT comme cadre d’action
La qualité de vie et des conditions de travail offre le cadre idéal pour intégrer le SFC dans les politiques de prévention. Adapter les rythmes de travail, former les managers à la détection des signaux faibles, prévoir des protocoles d’aménagement rapide : ces mesures profitent à l’ensemble des salariés, pas uniquement aux personnes atteintes de SFC.
Quand le SFC crée des tensions au travail : la médiation comme issue
Le SFC génère des frictions que la bonne volonté seule ne résout pas. Un collègue qui ne comprend pas pourquoi son voisin de bureau est en télétravail trois jours par semaine. Un manager qui soupçonne une complaisance médicale. Un salarié qui se sent isolé, incompris, voire harcelé par un management inadapté. Ces situations dégénèrent vite si personne ne pose un cadre.
La résolution amiable des conflits permet de traiter ces tensions avant qu’elles ne se transforment en contentieux prud’homal. Depuis la réforme du 1er septembre 2025, le juge peut orienter les parties vers une médiation avant toute décision. Un cabinet d’avocats médiateurs intervient comme tiers neutre pour objectiver la situation, rappeler les droits et obligations de chacun, et construire un accord qui préserve à la fois la santé du salarié et le fonctionnement de l’équipe.
Le coût d’une médiation se chiffre généralement en quelques milliers d’euros, contre plusieurs dizaines de milliers pour un contentieux prud’homal impliquant une discrimination. Les coûts cachés du turnover et des conflits non résolus viennent s’y ajouter.
Parole d’avocat
Le cabinet a accompagné une entreprise de services de 120 salariés dont une cheffe de projet, en poste depuis sept ans, avait été diagnostiquée SFC après un Covid long en 2024.
Le médecin du travail avait préconisé un passage en télétravail à 80 % et une suppression des déplacements clients. Le manager direct contestait l’aménagement, estimant que le poste exigeait une présence terrain. Deux collègues avaient exprimé un sentiment d’injustice face à ce qu’ils percevaient comme un traitement de faveur.
Le cabinet est intervenu sur deux volets. Il a d’abord sécurisé la procédure d’aménagement en formalisant un avenant au contrat conforme aux préconisations du médecin du travail. Il a ensuite conduit une médiation entre la salariée, son manager et la direction pour clarifier les attentes réciproques et réorganiser la répartition des missions au sein de l’équipe. L’accord a été trouvé en deux séances. Le coût total de l’intervention (3 200 euros) a évité un contentieux pour discrimination liée au handicap dont les enjeux financiers dépassaient 30 000 euros.
FAQ sur l’impact du SFC concernant le droit du travail
Un salarié atteint de SFC peut-il être licencié pour absences répétées ?
Pas en raison de sa maladie. L’employeur doit prouver que les absences répétées désorganisent l’entreprise et nécessitent un remplacement définitif. La Cour de cassation exige une démonstration concrète, pas une simple allégation. Si le salarié bénéficie d’une RQTH, le licenciement pour ce motif est requalifié en discrimination.
L’employeur peut-il refuser un aménagement de poste recommandé par le médecin du travail ?
Il peut l’écarter uniquement s’il démontre que l’aménagement est matériellement impossible ou disproportionné par rapport aux moyens de l’entreprise. Le refus doit être justifié, et il est fortement recommandé de le formaliser par écrit. Un refus injustifié engage la responsabilité de l’employeur pour manquement à l’obligation de sécurité.
Le SFC donne-t-il droit à une affection longue durée (ALD) ?
Pas encore. La reconnaissance par l’Assurance maladie est une première étape, mais le SFC ne figure pas sur la liste des 30 ALD prises en charge à 100 %. Les associations de patients, comme l’AFEMISE et Millions Missing France, demandent cette inscription comme prochaine avancée.
Le CSE peut-il exiger une mise à jour du DUERP pour intégrer le SFC ?
Oui. Le CSE dispose d’un droit d’alerte en matière de santé et de conditions de travail (art. L.2312-59 du Code du travail). Si des cas de SFC sont signalés dans l’entreprise, il peut demander l’inscription de ce risque dans le DUERP et proposer des mesures de prévention.
Un salarié peut-il obtenir la RQTH avec un diagnostic de SFC ?
Oui, dès lors que la maladie entraîne une limitation durable et substantielle de la capacité de travail. La demande est instruite par la MDPH sur la base d’un certificat médical détaillé. La reconnaissance officielle par l’Assurance maladie renforce la recevabilité de ces dossiers.
La médiation est-elle obligatoire avant de saisir les prud’hommes pour discrimination liée au SFC ?
Elle n’est pas obligatoire au sens strict, mais depuis le décret du 18 juillet 2025, le juge peut enjoindre aux parties de rencontrer un médiateur avant toute décision. Le refus non justifié de se présenter à cette réunion expose à une amende civile pouvant atteindre 10 000 euros (art. 1533-3 CPC).
L’employeur peut-il demander à connaître le diagnostic médical du salarié ?
Non. Le diagnostic relève du secret médical. L’employeur n’a accès qu’aux préconisations du médecin du travail (aménagement de poste, restrictions) et à l’avis d’aptitude ou d’inaptitude. Toute tentative d’obtenir le diagnostic constitue une atteinte à la vie privée du salarié.
L’employeur peut-il imposer un programme de reprise progressive par l’effort à un salarié atteint de SFC ?
Non. L’Assurance maladie recommande le « pacing » (gestion de l’énergie) et déconseille les programmes d’exercices gradués, qui aggravent les symptômes. Imposer un tel programme pourrait constituer un manquement à l’obligation de sécurité et engager la responsabilité de l’employeur.
Pour aller plus loin sur les enjeux de santé mentale au travail, la loi du 2 août 2021 relative à la santé au travail a renforcé les obligations de prévention et créé de nouveaux outils pour les employeurs et les CSE. Une lecture indispensable pour anticiper les prochaines évolutions.
